立法院28日三读通过《立法院职权行使法》部分修正草案，监察院立即发声明强调，在未修宪前，各院均仍应尊重「五权宪政」的体制，并指该法未能繫诸于宪法与大法官歷次解释画定并允许的框架，程序未完备，已涉违反权力分立、影响监察核心职能，监院无法接受。对此，国民党及民眾党团则喊废除监察院。
监察院指出，《宪法》第95条、第96条规定的调查及调阅权等监察职权，仍专属监察院行使，强调未来是否朝三权分立发展，监察院予以尊重，但未修宪前，仍应尊重五权宪政的体制。
监察院补充，立法院调查权与国外三权分立的国会调查权，显然不同，监院虽已非民意机关，但弹劾、纠举、纠正及依《宪法》规定的调查及调阅权等监察职权，仍专属监察院行使。
监察院表示，立法院调查权系为取得行使职权所需相关资讯之辅助性权力，本应受有限制，且非行政与责任或刑事责任之诉追，监察调查权及司法侦查权之行使有别，不应重迭，更不应互相影响或妨害，造成行政机关和公务员无所适从。
另依释字第729号解释，为保障检察机关独立行使职权，立法院不得调阅侦查中案件的相关卷证，同理证之，法院审判中案件及监察院调查中案件，非属立法院调阅卷证的对象，监院强调，五院同为宪政机关应依循宪政惯例，相互尊重。
不过，国民党立院党团总召傅昆萁批，监察院办蓝不办绿，还有脸站出来对立院指指点点，全世界国会都有听证权、调查权，释字585号也讲得非常清楚，国会拥有调查权，「我们一定会废除监察院」。他痛批监院用民脂民膏，圈养民进党内亲，绿电、鸡蛋、疫苗弊案，查出哪一案？
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