原隶属于国防部全动署的后备指挥部，自7月1日起编配至陆军司令部，引起争议，尤其是全动署成立之初，就说明将后备指挥部纳入全动署，目的是形成动员体系一条鞭，达成「后备动员合一」之目标；藉以强化与 各部会及县市政府人力、物力、财力、科技等动员事项之协调整合，落实「跨部会合作」，言犹在耳，如今全部翻盘，速度之快，令人咋舌。
陆军随即澄清后备指挥部编制上仍属全动署，实际上是为达到「常、后合一」的目标，由陆军来统筹编管、训练、运用后备部队，以达到事权统一，其实这早有脉络可循，当年「精实案」时，即有将领倡议，将军管部裁撤，各作战区成立动员处，统一编管作战区内的后备军人，但因为当时军管部仍有「清溪」组织系统，高层仍决定保留，并更衔为后备司令部。
当年为了维持后备司令部的正当性，喊出「常后分立」、「常备打击、后备守土」的政策目标，如今因为编配至陆军，又改成「常、后备部队形成一体」，只能说这一次的后备动员制度改革，太过仓促，国防部也是摸着石头过河，边做边改，如今回到最初的版本，当初倡议的将领们，不知做何感想。
目前这样看起来，应该是全动署位阶不高，署长也是中将位阶，在政策推动上未必管得动同为中将的后备指挥官，而且后备动员的主心骨还是后备部队训练，全动署并没有一个幕僚单位是专责管训练的，全动署除了幕僚人员，编制、员额都没有，而陆军出人出装备，硬挤了5个旅出来，没有功劳也有苦劳，要求编管训合一，并不过分。
只是这个为期半年实验编装，一旦落实，作战训练权责交给陆军，后备指挥部内部的组织、编装应该会有一波精简或移编，届时仍是观察的重点。
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