林智坚论文门引发强烈政治风暴，此案关键人余正煌已出面抨击林的论文不是原创，且没看过林的论文，而担任余的论文指导教授的台大国发所教授李碧涵则完全神隐，迄今没有做出任何解释，该所网页也已完全没有她的师资纪录，被学界批评不像话，而政客带头抄袭论文，更让高教圈十分为难，老师们已不知如何指导学术伦理课程。
文化大学政治系教授林忠山表示，如果林的论文口试，学校没有查证，口委也不知道余写了一份论文，「不是阿通师一个人的问题，教育部怎么可以没声音呢？」呼吁教育部彻查台大国发所所有论文是否抄袭，如有违反相关规定，随即停招。
前台大国发所教授杜震华认为，这起事件最有趣的是李碧涵到现在完全神隐，一句话都没讲，身为指导教授，看着学生的论文被另外的人抄袭，「为什么都陈明通在讲？这像话吗！」
至于陈明通指导173份论文，不乏绿营政要，却只有5位开放电子全文，占比仅约2％，杜震华提出质疑，认为李碧涵很有可能帮忙挂名，担任陈明通子弟兵的指导教授。对于外界批评李碧涵的声音不断，至今就是找不到人，杜震华批评，完全没有承担身为老师的责任，「出个名而已吗？可以这样干吗？」
在北市某公立大学任教的青年教授表示，从总统蔡英文博士学歷造假，到林智坚论文门，重伤本土高教与学术圈形象，「就是政客带头作弊」，必然影响学子对于学术伦理的价值认定。
该名教授说，他在学校开设学术伦理课程，上课时尷尬不已，由于这是政治案件，又怕跟学生分享会引爆口角，「真的很难教，这案子实在受不了，没办法昧着良心说这是没有问题的论文！」
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