本次上网登记之身分证字号、健保卡号及金融机构帐号，数位部设计有严密的资料保护机制，包括资料传输全程加密、使用资料必须获得授权并留下可追踪之纪录、资料存放以加密方式储存等，确保民眾的资料受到严密保护不外泄。本专案并非第一次搭配健保卡卡号协助辨识身分，像是1922疫苗预约平台、手机申报综合所得税及「孩童防疫家庭补贴」，都要输入身分证字号与健保卡号。
财政部说明，如同办电信门号要带双证件，双卡号验证是保护民眾申领6000元权益，防止有心人士偽冒他人证件号码而盗领款项。登记入帐官网会检核民眾输入之健保卡号与身分证字号是否一致，若两个证件号码非属同一人，6000官网会拒绝将资料登载。
财政部强调，全民共享普发现金系统平台符合行政院「高」等级资通系统防护基准之控制措施，相关资讯传输及存取管理亦加密及监控，该部将偕同数位部严密管理与保护本专案所搜集个资，以确保资料安全。
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