前总统马英九27日下午搭机前往上海，他在机场表示，等了36年才有机会到大陆访问，「的确是等待久了一点」；独派团体也前往机场抗议闹事，遭航警强制驱离。
马英九在登机前发表简短谈话说，这是他第一次到中国大陆访问，他37岁时就在政府负责处理两岸事务，如今自己已经73岁，等了36年才有机会到大陆访问，的确是久了一点，但很高兴能去。马英九也强调，此行除了祭祖外，也带了台湾大学生去交流，希望透过年轻人的热情互动，来改善两岸目前的氛围，让和平能够更快更早地来到，因此很高兴能够进行这次访问。
不过在马英九抵达桃园机场前，独派团体「台湾国」成员前往机场抗议，虽然航警事先在第二航厦外规画陈抗区，但是数名抗议民眾却化整为零溜进出境大厅，在报到柜台前突然拉起布条并用大声公表达诉求，航警见状立即以违反航空保安法为由，派出优势警力将他们强制驱离，双方并爆发激烈拉扯。随后警方将闹事民眾隔离在航厦外的陈抗区中，所幸直到马英九抵达机场并搭机离开后，就没有再发生衝突。
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