台南市2010年12月25日改制升格直辖市后，回顾歷任4名议长，现除国民党籍李全教已刑满出狱，民进党籍赖美惠「诈领助理费」、无党籍郭信良「索贿贪瀆弊案」、民进党籍现任议长邱莉莉「贿选案」此3人皆遭起诉，案件至今仍于审理中。
根据检方控诉，台南市议会首名女性议长赖美惠，于2012年1月至2014年担任第1届台南市议员期间，涉嫌诈领助理费共计232万5200元，相关款项统则由陈姓弟媳支配，藉此支付服务处红白帖等开销。案经南市调查处移送侦办后，台南地检署今年8月依贪污、偽造文书罪将她起诉，因赖美惠自白犯行，并缴回不法所得，检方遂建请法院减轻其刑。
台南市第2届议长李全教，于2014年当选第2届台南市议员，并成功竞逐议长宝座，却引发台南府会争议，时任台南市长副总统赖清德拒进市议会，引发轩然大波。
李全教2016年8月30日因涉贿一案，台南地院一审判决李全教有罪，处有期徒刑4年，褫夺公权5年，并根据《公职人员选罢法》判当选无效确定、解除议员职务。另，李再因议长贿选案被判刑9个月，李全教放弃上诉，2020年2月入监服刑，现已刑满出狱。
台南市第3届议长郭信良，与安南区佃西里长高进见涉佃西自办市地重划案，藉势向业者廖坚志索贿1300万元。为掩饰勒索犯行，高进见制作购买抵费地不成的假契约，以1300万元和解，掩饰收贿金流，其律师也因此涉泄密罪遭到起诉，台南地检署今（5）日侦结，依贪污等罪嫌对郭信良等8人提起公诉。
台南市第4届议长邱莉莉，遭控涉犯正副议长选举贿选案，南检今年3月2日依《违反选举罢免法》罪嫌将其起诉。台南地院4月24日首次开庭时，邱莉莉否认涉案，并于受访时表示：「相信司法会还我清白。」
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