立法院28日三讀通過《立法院職權行使法》部分修正草案，監察院立即發聲明強調，在未修憲前，各院均仍應尊重「五權憲政」的體制，並指該法未能繫諸於憲法與大法官歷次解釋畫定並允許的框架，程序未完備，已涉違反權力分立、影響監察核心職能，監院無法接受。對此，國民黨及民眾黨團則喊廢除監察院。
監察院指出，《憲法》第95條、第96條規定的調查及調閱權等監察職權，仍專屬監察院行使，強調未來是否朝三權分立發展，監察院予以尊重，但未修憲前，仍應尊重五權憲政的體制。
監察院補充，立法院調查權與國外三權分立的國會調查權，顯然不同，監院雖已非民意機關，但彈劾、糾舉、糾正及依《憲法》規定的調查及調閱權等監察職權，仍專屬監察院行使。
監察院表示，立法院調查權係為取得行使職權所需相關資訊之輔助性權力，本應受有限制，且非行政與責任或刑事責任之訴追，監察調查權及司法偵查權之行使有別，不應重疊，更不應互相影響或妨害，造成行政機關和公務員無所適從。
另依釋字第729號解釋，為保障檢察機關獨立行使職權，立法院不得調閱偵查中案件的相關卷證，同理證之，法院審判中案件及監察院調查中案件，非屬立法院調閱卷證的對象，監院強調，五院同為憲政機關應依循憲政慣例，相互尊重。
不過，國民黨立院黨團總召傅崐萁批，監察院辦藍不辦綠，還有臉站出來對立院指指點點，全世界國會都有聽證權、調查權，釋字585號也講得非常清楚，國會擁有調查權，「我們一定會廢除監察院」。他痛批監院用民脂民膏，圈養民進黨內親，綠電、雞蛋、疫苗弊案，查出哪一案？
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