华航自2013年起，积极布局现代化医药品冷链物流市场，并申请国际航空运输协会医药品冷链运输认证(The IATA Center of Excellence for Independent Validators in Pharmaceutical Logistics, CEIV Pharma)，在2019年4月通过严格审核，为台湾首家且当前唯一获此认证的航空公司。
国际航空运输协会(International Air Transport Association,IATA)特别注重运送风险评估与管理，华航在运送前的场站能量分析、人员训练等皆有完善措施，且冷链运输经验丰富、管理完善，不仅运送过程全程监控、优先进仓，还额外提供货主可透过官网追踪温控柜的温度、电量等，种种高品质服务及对运送的严谨态度，是获得CEIV认证的关键。
在低温冷链空运服务上，华航具有丰富的操作经验、国际公认的运输资质，将低温货品筑打于主动式温控柜内，可确保货品品质不受到环境温度差异干扰，即使往来季节相异的南北半球也没有问题，上至25°C、下至-20度C的品项，如流感疫苗、抗癌药、胰岛素、快筛剂等，均可确保稳定安全的运送。
华航与国际被动式温控柜供应商签约合作开启超低温运送，同样是以温控柜的方式确保货品运送品质，但和一般冷链以电力控制温度驱动的主动式温控柜集装箱不同，被动式超低温温控柜免用电池，採用专利的真空隔热温板(Vacuum insulated panel)，搭配相变材质(phase change material)调温真空绝热，可有效保持特定低温温度长达5天，添加乾冰后最低保存温度更可达-80°C，为特定疫苗药品提供稳定、安全的温度环境，达到保持功效、运送质量和维持价值的优质运送服务。
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