国内新冠疫苗目前短缺，却爆出不少公私立单位有人抢先施打的怪象。海巡署却遭到基层海巡队员爆料，有署本部及科室巡防区的长官抢先施打第一波疫苗，但卫生局配发给海巡的疫苗，却没有半支施打在第一线的海巡队基层队员身上，让海巡队员怒喊「到底谁才是接触民眾、大陆渔民外籍船员的第一线人员？」对此海巡署舰队分署表示，事实上并非刻意排除海巡队，是因获配疫苗无法满足单位所需，已于6月15日再次函请卫生单位争取第二批接种疫苗名册，因而造成误会。
有基层海巡队员脸书「靠北海巡队」PO文表示，5月中旬台湾疫情升温，台中海巡队询问地方卫生所无疫苗可施打，询问卫生局被驳回：「海巡单位太多了不要零零散散来询问！请统一窗口！」
当时中部地区所有的海巡单位由海巡署中部分署统包联络施打疫苗业务。在5月21日，台中海巡队汇整名单交予中部分署。6月4日中部分署正式函报卫生局。6月14日，中部分署获配543位疫苗施打人数，除了一线岸巡人员，有署本部的人施打、有各科室的人施打还有巡防区的人施打，就是没有半支给海巡队的人施打！连回文都省略不用给海巡队了。
为此海巡队员怒问，「到底谁才是第一线人员？谁才是真正接触民眾、大陆渔民和外籍船员的人？」从这一件事也看出海巡署多头马车自扫门前雪的可笑。需要工作的时候，小小海巡队被地区分署追着跑、被舰队分署追着跑。而当基层需要你们的时候你们又在哪？台中海巡队到现在所有同仁都是自己到外面医院排队施打疫苗！「海巡队员守护台湾，谁来守护我们？」
为此海巡署舰队分署特别澄清表示，为加速施打新冠疫苗，满足第一线同仁防疫需求，舰队分署指导各海巡队主动接洽在地医疗院所，联繫疫苗施打事宜，目前所属各海巡队同仁均已陆续施打。
台中海巡队与中部地区机动海巡队原已向中部卫生单位申请施打疫苗，卫生单位考量海巡单位眾多，希望统一申请，俾利规划后续施打作业，已于6月10日上午协调中部分署代向卫生单位申请疫苗接种，并于6月11日传送申请名册。中部分署于同日将需求名单併入已于6月4日申请之名册，再向卫生单位协调更换为907员。
卫生单位依照名册顺序于6月14日核定第一批疫苗接种名册为543剂，因获配数无法满足辖内单位所需，已于6月15日再次函请卫生单位争取第二批接种疫苗名册，已再次包含臺中海巡队及中部机动海巡队所有同仁；另为争取疫苗施打时效，中部分署已主动协调当地医院同意，并自明（18）日起至25日，上述海巡队未施打疫苗之264位同仁，均可安排施打疫苗。
舰队分署表示：有关海巡单位所报名册均符合中央流行疫情指挥中心认可第二类「中央及地方政府防疫人员」施打疫苗对象，惟因海巡队递交名册时间较晚，卫生单位依照名册顺序核列疫苗施打时间，并非刻意排除海巡队，因而造成误会。舰队分署已指派干部向基层同仁妥为说明，并请同仁依照指定时段前往施打疫苗。
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