南亚科在今年5月17日传出第一名员工确诊新冠肺炎，近一个月以来已积极进行公司及人员的管制。6月20日新增3名员工确诊新冠肺炎，公司表示，1名同仁的非同住但有接触之亲属于18日确诊，该员于同日离厂，并立即匡列该员工办公室的6名同仁，安排19日进行PCR採检，20日上午医院通报该员确诊并隔离治疗，另2名同仁于20日傍晚确诊。
南亚科指出，自5月17日起已採取分区、分组、分流及部分人员居家办公机制，禁止人员公出及外宾访问，採用线上会议及通讯软体沟通，减少人与人的近距离接触。所有人员入厂前，需先体温量测并执行自我健康监测及接触史异常回报，以降低染疫风险。
为确保更安全的工作环境及保护员工，南亚科于6月16日与林口长庚医院合作在公司设立快筛站，截至21日，已完成1447名员工筛检，全数採阴。目前持续筛检中。公司强调，以防疫安全及保护人员健康为首要考量，持续强化防疫措施，确保正常营运。
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