台湾出现国籍航空机师突破感染，指挥中心原订9月15日起加强机组员管理规范，要求长程航班返台必须7+7、5+9，并加强採检措施，指挥官陈时中昨(3日)已经宣布，改为即日起上路。此举引发许多网友批评早该加强防范、「落后部署又一桩」。
日前长荣航空机师（案16066）检出Delta后，指挥中心原宣布15日起加强机组员管理措施，3日则改为即起上路。根据规范，长程航班未具完整保护力者，除维持7+7外，另加强採检次数至3次，检疫期满1次PCR，第10、第14天各1次PCR。完整接种者维持5+9，PCR採检次数亦增至3次，分别是期满、第9天、第14天各1次。
至于短程航班，指挥中心则要求未具完整保护力者，改为14天加强版自主健康管理，每7天接受PCR採检。具完整保护力者，则是7天一般自主健康管理，每7天接受PCR採检。
对于指挥中心最新作法，有网友在《中时新闻网》、《yahoo新闻》相关报导底下留言，有人说「防疫破口」、「这早就该做了」、「早该这样了」、「这不是破口啦，没事啦」、「之前还敢说3+11不是破口、航空相关行业不用先打疫苗」。还有网友重提3+11讽「范云快出来声援机师啊」。
不过也有网友认为不需太过情绪反应，现阶段把疫情处理好最重要、国外虽打疫苗但又不戴口罩，病毒在国外、疫苗本来就用来挡传染，现在就是Delta挡不下来。
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