引发国内政治动盪的「3＋11」政策，行政院长虽已在立院提出2次专案报告，但根据由行政院秘书长李孟谚担任召集人的调查小组所做报告披露指出，陈时中是在4月13日与指挥中心任务编组会议，「当场裁示」回到去年3＋11模式，此次讨论未制书面纪录，理由是「此属指挥官之决策模式之一」。对于3＋11是否疏失，调查结论明确指出，「形成3＋11【加强版】决策考量之依据及其理由，尚属妥适。」
苏贞昌已两度前往立院针对3＋11政策进行专案报告，根据苏的书面报告内容，并未对疫情指挥中心指挥官陈时中的决策及适法性做出明确定论。
根据行政院送入立法院院会的「国籍航空公司机组员3＋11决策过程调查报告」指出，政院为厘清3＋11政策，由政院秘书长李孟谚担任调查小组召集人，成员除政委林万亿、吴泽成、罗秉成，还包括法务部次长陈明堂、经济部次长陈正祺等人，分别于8月25、9月8日及9月14日召开3次调查小组会议。
报告指出，由于「5＋9」管理模式已执行约1个月，加上机师工会提出检讨改善诉求，指挥中心遂于4月13日由疫情监测组、边境检疫组、社区防疫组、医疗应变组等任务组及专家，共同向指挥官进行面报，陈时中决定再次调整管控机制，「当场裁示」可回到去年3＋11模式，但要在检疫期满第3天PCR採阴，此即「3＋11【加强版】」模式)。
对于外界质疑的「没有会议记录」，该报告指出，4月13日面报、裁示未制作成书面纪录，「此属指挥官之决策模式之一」。
报告强调，依指挥中心组织架构指挥中心决策模式并非合议制，而是由指挥官听取、参酌各任务组、专家学者、相关部会建议及疫情相关资讯后即可执行决策，较类似「首长制」，并非每次决策都须有正式会议或制作书面纪录始能执行。
报告举例强调，陈时中在今年1月13日宣布曾有南非或史瓦帝尼旅游史旅客，入境后一律入住集中检疫所；或5月3日宣布曾有印度旅游史旅客，只限本国籍与持我国居留证之非本国籍人士入境，两项政策决定及讨论过程也未制作书面纪录，但并不影响决策有效性及适法性。
因此，该报告提出的调查结论明确指出，3＋11是在兼顾飞航安全与机组员身心健康等多面向考量后做成决定，「其形成「3＋11【加强版】」决策考量之依据及其理由，尚属妥适。」
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