清华海峡研究院于清大校内设置办公室，引发执政的民进党高度关注，教育部8日表示，将依违反两岸条例进行裁罚，并要求清华海峡研究院即刻撤离；教育部也透露要全面盘整两岸高教交流状况，引发学界震撼，不少学者认为恐造成我国大学无所适从。消息一出网路热议，不少网友质疑：「公投、又要选举了，又搞恐慌？」
《中国时报》10日报导指出，清华大学校友会与大陆厦门市政府、北京清华大学在清华大学校内育成大楼共设「清华海峡研究院」、「清华海峡研究院新竹办公室」，从事技术研发、揽才、投资，国安单位质疑这是被大陆共产党渗透，教育部要求该办公室停止运作，并将全面盘点两岸高教交流状况。
该报导指出，台科大前校长廖庆荣表示，学术界人没有政治立场，所有校长都愿意配合国家政策，但政府几年前鼓励两岸高教交流，现在却不行，那以后呢？政府现在对清大的处理方式，将让其他大学在两岸交流上无所适从。教育部长潘文忠10日回应，教育部鼓励两岸大学正常、正确的学术交流，106年及108年已两度发文各大学，在两岸人民关系条例允许的程序下，跟对岸进行正常、正确的学术交流，但应在不抵触法律的前提下进行。
教育部的大动作引发网路热议，大批网友涌入PTT论坛与脸书相关新闻下留言，其中不少人认为可能是公投、选举时间又到了，所以才有这动作。有网友就说：「渗透？ 塔绿班遇到选举又搞恐慌」、「校园内只容许一个顏色：绿色」、「又在卖芒果干啰」、「公投、选举又要到了，芒果乾吃到饱啰」。也不少人说，民进党都执政多久了，现在才知此事？
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