C肝、愛滋防治等專案長期以健保總額支應，引發專家詬病。面對醫療環境惡化、醫事人員多次上街抗議，政院先前規劃，明年為健保基金撥補200億元，其中100億用於醫事人員加薪。為了讓這筆錢成為常態，衛福部表示，2025年起，將C肝、愛滋等專案都從健保總額移出，以公務預算支應，專案原本在總額的100億預算，將常態性地填補調升醫事人員薪資的支出。
行政院長陳建仁11日出席「2023台灣醫學週－台灣聯合醫學會學術演講會」時表示，蔡總統強調不是所有東西都靠健保，政府的公務預算在公共衛生、預防醫學部分，要更多投入。有鑑於此，政府將投入至少新台幣200億元，讓所有醫事人員得到更好的、應得的合理薪資或加給。
民進黨立委蘇巧慧今質詢薛瑞元時指出，投資醫事人員就是投資全民健康。薛瑞元表示全力支持，但是重點在於「資」，他曾多次致電主計長，「主計長接到我的電話都不接了」。
蘇巧慧說，現在最辛苦的是健保點值，今年第2季下探0.8，陳建仁曾公開說要用公務預算多補200億，期待大家得到適當的薪酬，詢問衛福部有無常態性作法。薛瑞元回答，因為明年度的預算在立法院，健保的部分也已經協商到一定程度，在進行最後核定，明年度有明年度的方法。
健保署長石崇良說明，明年政院將撥補200億元給健保基金，這使用的是疫後特別預算，其中100億將用於調整醫事人員的薪資，具體作法待政院定案。由於政府希望調薪成為常態，2025年後，這100億的缺口，將透過總額項目的挪動支應，常態性填補2024年調薪的支出。
2025年之後，會有2部分作法，薛瑞元說，1個是把原本放在健保總額的近100億的C肝、愛滋專案移出，改以公務預算支應，因此健保總額會多出100億。另外，主計總處還會有100億挹注健保基金。至於日後有沒有辦法保證點值1點1元？他說，因為總額「框」在那個地方，和價、量有關，除非修法將總額制度拿掉，否則無法保證。
另一方面，為補足部立醫院人力，衛福部明年預計增加1056人，第1階段已核定500多人。不過，薛瑞元說，這筆人事費用沒有公務預算支應，會由醫院的醫療藥品的作業基金支應。蘇巧慧認為，放寬員額、加人後，預算也應同步增加，她支持衛福部向主計總處爭取預算，立法委員也可以跟著一起去。
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