2020年2月疫情爆发，陆委会限缩两岸直飞航线，仅有上海、北京、成都和厦门等四个航点可飞航，随着疫情降温，陆委会9日宣布恢復两岸航班，自10日起恢復十个客运定期航班航点，分别为深圳、广州、南京、重庆、杭州、福州、青岛、武汉、寧波、郑州，以及13个包机航点包括渖阳、无锡、海口、长沙、西安、济南、合肥、南昌、天津、温州、大连、桂林、徐州。
两岸航线是华航黄金获利航线，华航目前飞航北京、上海浦东、成都、厦门等四大航点，并持续因应市场增班，上海航线包含桃园、松山、高雄往返，总计每周达26班，已经恢復至疫情前水准。
另外，华航3月26日夏季班表起，CI201/202也将恢復为松山-虹桥起降，加上桃园-北京每周7班；桃园-厦门每周7班、高雄-厦门每周3班；桃园-成都每周2班，两岸航线将达每周45班。华航表示，后续还将依最新政策规范，综合评估市场动态、营运规划等作业，安排两岸航班。
长荣航及立荣航空3月26日起将陆续增班两岸航线，如桃园-北京每日1班，桃园-成都每周2班、松山-厦门每周3班，上海航线每周将达27班，包括桃园-浦东每周15班、松山-浦东每周3班、松山-虹桥每周6班、高雄-浦东每周3班。
惟长荣航及立荣航空目前规划的增班计画中，尚未包含9日陆委会宣布恢復的十个航点，预料长荣航近期将会密集復航两岸航点。
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