鸟嘴潭人工湖工程是为解决中部用水而动工，民进党政府视其为重大政绩不断宣传，蔡英文总统更在植树节时前往站台，但该工程违法倾倒土方进大肚溪，严重破坏当地生物栖地，石虎被迫离开家园，甚至跑到50公里外的海边遭到路杀，鸟嘴潭违法倾倒的废土也导致濒危鱼类「巴氏银鮈」常栖地辫状流消失，粗暴做法让环保团体气愤至极。
据了解，南投县府近年为保护石虎而祭出奖励方案，农民採取友善方式耕作，每公顷最高核发奖励金2万元，若配合架设自动相机监测到石虎，可再核发奖励金1万元，南投也成为石虎的重要栖地，大肚溪流域则经常看见石虎出没的身影。
但石虎保育协会发现，自鸟嘴潭人工湖在2019年8月间动工以来，石虎路杀频率大幅增加，许多「不该是牠们出没的地方」都发现石虎遗体，连远在50公里外的彰化都惊传悲剧。
「伸港海边、台中市区甚至高速公路上都有石虎被路杀，这个频率太高，分布范围也广的太奇怪。」石虎保育协会理事长刘威廷提到，去年的石虎路杀频率为歷年来最高，而大肚溪下游支流在2019年7月前的路杀纪录是6笔，2019年7月至今的石虎路杀次数却高达近20笔，总体暴增3倍之多，合理怀疑是鸟嘴潭工程破坏栖地，以及去年中开始将土方填平河床造成的影响，施工单位中水局却坚称「并无此事」。
面对质疑，中水局认为「培厚前后石虎是有增加的」，并在2022年4到6月的监测报告中提到，石虎常出没之范围的大肚溪南岸高滩地工程大致完工，对石虎干扰大幅降低，所以石虎在动物通道「被拍到数量微幅上升」。
但石虎保育协会审视详细资料，发现中水局在去年12月提供了2022年通道自动相机监测成果表，当中6月的资料不翼而飞，7、8月更是「全年使用次数最少的月份」，石虎增加说法根本是「睁眼说瞎话」。
除了石虎外，仅存于大肚溪的巴氏银鮈栖息地也遭受严重影响，巴氏银鮈在2017公布的「台湾淡水鱼类红皮书目录」中被列为极度濒危等级的名单，牠们体型娇小、最长约10公分，且身体微微散发银色光芒，灵动闪耀的外表有如河中精灵，水利署近年一直大力宣扬为復育巴氏银鮈所做的各种努力，实际作为却大相径庭。
「中水局带教授去看已经倾倒的地方，他当然会说这边不是栖地啊。」刘威廷提到，巴氏银鮈以大肚溪的辫状流为栖息热点，而土方填平了辫状流，中水局却声称此处本就不是巴氏银鮈偏好的栖地，更找来国内研究巴氏银鮈的教授背书，但协会实际询问，这才发现中水局是在倾倒土方后才找来教授，教授看着面目全非的河床，自然认为并非巴氏银鮈习惯的环境，倒果为因的说词再次激发动保和环保团体怒火。
刘威廷说，协会曾向环保署检举告发违法倾倒废土行为，环保署却回应这属于「水利法及河川管理办法管辖，应由该法主管机关确认是否符合规定」，甩锅、踢皮球的态度让人几乎忘记环保署的主管职责，协会目前则与更多环境友善组织一起串联发声，希望能唤起大眾对野生动物栖地的关注，还给这些宝贵生命得以安身的家。
本刊致电中水局副发言人洪信彰，其办公室人员承诺会转告回电，但至截稿前未获回应。而立法委员陈椒华3月22日曾针对此事召开会议，中水局当时表示，该工程有向三河局提出申请，确保填补土方不影响防洪、河道功能。三河局在会议上则说，河道填土工程旨在保护堤防与桥墩，河川局会审慎评估不让填土影响河道安全，也会进一步了解每处工程河段是否可再调整填补工程与量能。
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