營建署表示蘭嶼鄉土地面積約4838公頃，全鄉均屬非都市土地，其中農牧用地與林業用地占93％。目前全國區域計畫已經公告，接下來縣市政府將依此訂定縣市區域計劃。而依全國區域計畫規定，屬原住民特定區域計劃需與原民會共同研商，因此建議台東縣政府「因地制宜」，配合原民會於蘭嶼編定原住民區域計劃，針對原住民特殊生活需求，給予不同的土地使用管制內容。
營建署也建議台東縣政府，考量當地傳統習俗，依建築法第99條之1規定，修正簡化鄉鎮及偏遠地區建築管理自治條例，輔導1985年後蘭嶼增建的違建合法化。
蘭嶼9成5違建？營建署：1985年前都合法
蘭嶼爆出當地9成5建物都無建照屬違建？對此內政部營建署今天聲明「不能這樣去套(解釋)」，因為台東縣是於1985年11月16日才完成非都市土地用地編定，在此日期之前，達悟族原住民南島建築文化特色的地下、半地下及干闌式等建築物，都屬於原有合法房屋。
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