中科院曾發生2起重大共諜案,其中艾伊喜科技公司負責人葉文淵,涉嫌勾結中科院人員竊取台灣評估TMD戰區飛彈防禦、國軍建制計畫,並替大陸蒐購美製紅外線夜視攝影機、飛行員夜視鏡等戰略性高科技管制品,他棄保潛逃遭通緝,逃亡大陸期間,並試圖跨海滲透昔日中科院舊識,欲竊取機密,被調查局列為「追緝外逃要犯」。
據指出,前中科院雄風作業室技正小組長黃正安被控2003年蒐集「鳳凰遙攻精靈炸彈」、「擎天計畫」機密,透過與中共軍方熟識的大陸女子,與中共軍方聯繫,幸未完成交易。
黃另與埃及空軍聯繫,親赴開羅向埃及空軍高層簡報,協議以6600萬美元銷售250套「鳳凰遙攻精靈炸彈」予埃及空軍,但尚未交付即被捕。黃被判刑8年確定,已經出獄。
原名葉裕鎮的商人葉文淵,曾在中科院第三所設計中心受訓,後赴大陸經商,受陸方指示返台,葉自2002年10月起透過任職中科院電子系統研究所舊識陳士良,蒐集台灣評估戰區飛彈防禦等機密文件,製成光碟攜往大陸。葉一度遭羈押,羈押期滿獲30萬元交保,2004年高院審理期間,偷渡逃亡大陸,高院2004年7月通緝葉。
葉逃到大陸後,續受中共國安單位指使,與曾任職中科院第一所及工研院汪姓舊識聯絡,2008年2月葉寄3封電子郵件給汪,要求蒐集雄風導航模組、A400M軍事運輸機10項機密。
葉文淵通緝時效25年,仍通緝中。陳士良因另涉中科院圍標案被判刑10年確定,已於2019年假釋。
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