今年5月發生在南方四島國家公園遊客違法捕撈漁獲，因遊客乘坐遊艇為國立澎湖科技大學所有的「海洋2號」，澎湖縣調查站疑有弊端，報請澎湖地檢署吳巡龍檢察官指揮偵辦，由澎湖縣調查站、南部地區機動工作站組成專案小組，經數月之調查蒐證分析，認時機成熟，向法院聲請搜索票獲准，於17日上午執行搜索，共計搜索6個地點，另帶同被告3人、證人4人進行訊問。
經檢察官偵訊及調查證據後，認為澎科大海洋遊憩系前系主任陳正國教授涉犯刑法偽造文書、詐欺取財、背信及政府採購法等犯嫌重大，且有勾串、滅證之虞，向法院聲請羈押禁見獲准，另2名被告即澎科大教授胡俊傑、業者郭香瑜則諭令請回。
今年5月7日發生6名潛水客在東吉附近海域漂流，被岸巡補給船救起的意外，經查是「亞果PIDC潛水中心」的教練與客人，負責載送遊艇則是澎科大「海洋2號」，由於救起6人的裝備中，發現網袋有龍蝦、麵包蟹，遭海洋保育志工檢舉違法捕撈，已明顯違反漁業法相關規定。
澎湖地檢署重申，各公家機關有採購需求時，務必遵守相關法規，勿便宜行事，獲取不法利益，若有違法情事，檢方將全力偵辦，維護公務體系之廉潔。
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