921大地震隔年，農委會公告成立九九峰自然保留區，減少人為干擾，近來，陸續有石虎、台灣野山羊、野豬、山羌等動物出現，觀察記錄的植物有112科393種，動物則有168種，保育20年，成果斐然。
南投林區管理處長李政賢表示，面積1212公頃的九九峰自然保留區，不僅保護地貌景觀，得以不受人為干擾而自然演替，更使得棲息其間的生物得以繁衍生息；近來，透過紅外線自動照相機監測，不但發現石虎出沒，台灣山羊、野豬、山羌等哺乳類出現的頻率，也有增加趨勢。
李政賢表示，過去，石虎廣泛分布於全台灣的低海拔山區，但是，現在只有苗栗縣、台中市及南投縣有少數族群！石虎是淺山生態系的頂級掠食者，以獵食小型哺乳動物為主，對於生態系的穩定扮演重要角色，但因棲地喪失及破碎化、車禍致死、獵捕、流浪貓狗競爭與潛在疾病的威脅，致使族群數量急遽減少！
如今，石虎再次現蹤及各種野生動物的頻繁出現，代表九九峰自然保留區的人為干擾極低，因而成為絕佳生態保護場域。
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