政院推動這項修法主要是國安考量，不過今天在討論過程也引發立委疑慮，民進黨立委劉建國就質疑，有些無涉秘密的人員也被管制是不是違憲？且這種管制措施恐讓中科院招募人才有困難，中科院長張忠誠認為還是以國安優先，相關人員也可能涉及機密，無意間洩密，因此朝管制方向規範；初審通過版本將相關申請、核准辦法由國防部訂定。
此外，委員會也通過現行第33條條文中增訂第1項，規定中科院得於不超過設立時軍職編制員額限度858人內，任用具科技專長軍職人員。其相關權利、義務事項，準用隨同移轉本院之軍職人員相關法規，不受行政法人法第20條第1項之限制。
委員會也通過綠委蔡適應等所提附帶決議，國防部應於《國家中山科學研究院設置條例》修正通過後6個月內，訂定中科院科技軍官至國軍單位交流歷練實施計畫，以利國防科技人力與部隊實務需求結合，達最佳運用效益。
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