今年總統府元旦升旗典禮，台北市長柯文哲也受邀參與，但一改過去先入府合影，而是直接到現場站定位，結果出現獨自站在三軍樂儀隊前面的畫面，引發爭論。總統府則是還原現場，在三軍儀隊操演時，除了總統、副總統及主辦單位5大醫事團體代表以外，其他已經到場的重要貴賓，都已在現場站定位，「盼各界不要誤解」。時常針砭時事的藥師林士峰昨(2日)在臉書表示，其實立法院長游錫堃和柯P的站位是有一定距離的，先不管他們各自站在那邊的時間多久，把首都市長一個人晾在一邊吹40分鐘的冷風，本來就很奇怪。
總統府發言人張惇涵2日表示，總統府貴賓證上通知貴賓到場的時間為05：50前，柯市長抵達總統府的時間約為05：37。其他重要貴賓，例如：參謀總長於05：30左右即已抵達，監察院長是於05：39抵達，立法院長則於05：46抵達，隨即皆由工作人員引導至活動現場就定位。至於大家所看到的，柯市長身邊都是空位的畫面，他說明，這是因為安排站位在柯市長身旁的貴賓，是主辦單位5大醫事團體代表；而這些代表是在06：20左右，與總統、副總統一起至現場就位。
對此，林士峰在臉書表示，其實不贊成民眾黨高分貝的要求執政黨道歉，理直應該要氣和，選舉比的是誰票比較多，不是誰比較有道理，且民進黨在升旗典禮的小動作，不符合執政黨的高度氣度，有表達抗議，就夠了。
不過，林士峰指出，但是看到民進黨的支持者在傳這張圖(總統府提供全員到齊後的直播畫面，證明未孤立柯文哲)洗地，整個脾氣都上來了，「一個獨裁的政府永遠都是經由人民慣出來的。民進黨擅長的民族主義操弄之下，人民對民進黨的寬容程度遠高於台灣的其他政黨，而台灣的選舉制度不利小黨的生存，進而使在野黨制衡政府權力的擴張，力量無法有效伸張」。
林士峰也說，有拍照概念的人都知道，取景的角度和高度會影響照片的壓縮感，其實游院長和柯P的站位是有一定距離的，不像照片中看起來的那麼近，先不管他們各自站在那邊的時間多久，把首都市長一個人晾在一邊吹40分鐘的冷風，本來就很奇怪，而且安排進場跟時間的權力在總統府。
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