桃園市長參選人林智堅稱論文門是惡意扭曲，提告國民黨。國民黨立委比對林智堅論文，林智堅的中華大學碩士論文與竹科委託報告，相似度高達90％，國民黨團總召曾銘宗表示，即使林智堅有參與研究，但也不能整本照抄，而台大國發所的論文，曾也質疑，「哪有先畢業的論文抄晚畢業的，這邏輯不通。」
國安局長陳明通說是林智堅提供資料給余正煌，曾銘宗質疑，就算如陳明通所說，相似度也不可能高達70％吧？且連錯字都一模一樣，余正煌還是先畢業的，哪有先畢業的論文，去抄後畢業論文？邏輯根本不通，事實上也不可能發生。
曾銘宗也質疑陳明通，身為當時的國發所所長，又是口試委員，既然允許個人的論文相互抄襲，還給學位，甚至主動出面澄清、護航，請問這是國安危機？還是民進黨的國安危機？
國民黨團副書記長謝衣鳳也質疑，余正煌的指導教授是李碧涵，陳明通只是余正煌的口試委員，為什麼可以把林智堅的論文資料給余正煌？其次，兩份口是審定書時間相隔不到1年，余正煌的口試審定書是在105年7月19日，林智堅市長的106年1月13日，兩份論文幾乎一模一樣，陳明通是不是要再出來說明清楚？
國民黨立委林奕華也提到，論文所引用的數據或許相同，但是怎麼會連撰寫的文字內容也相同？而且畢業時間是余正煌在前，林智堅在後，自認在學術倫理要求最嚴謹的台大，怎麼會坐視這樣的事情發生？尤其是在余正煌與林智堅市長論文時間差期間，台大發生前校長楊泮池論文事件，當年的陳明通難道不知道論文如此高的雷同，都沒有利用「論文比對軟體」，要求林智堅市長或是余正煌修正？
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