審計部「COVID-19疫苗採購執行情形專案查核報告」曝光，針對衛福部過去的多項防疫作為進行檢討，其中包含要求衛福部在不違反保密條款的情況下，公開疫苗採購執行情形，並指出高端疫苗有多次逾期交貨的情形，要求疾管署應積極開罰，對此中央流行疫情指揮中心表示，相關檢討過去都已說明過，均已依規定辦理，善盡管理之責。
針對審計部指出，疫苗採購資料封存30年爭議，衛福部應於不違反保密條款的情況下，事實公開採購執行情形，以免外界對於採購合法、合理以及公平性提出質疑。指揮中心發言人莊人祥晚間表示，上周衛福部長薛瑞元已出面說明，高端與政府簽約的保密年限為5年，也就是5年一到就可以解密，並沒有所謂需封存30年的問題。
至於高端疫苗逾期超過30天才交貨，是否在審計部要求檢討之後衛福部才開罰？莊人祥也說明，合約中明定的罰則包含逐日逾期以及超過30日兩種，不論是哪一種指揮中心都有向高端開罰，「一開始採逐日罰，後來變成30日，屬於額外的處罰，只是最後一次開罰是在今年3月高端交出最後一批貨時完成。」
莊人祥強調，指揮中心該做的都有做，並非是在審計部提醒後才罰，「他們當然也有提醒，只是我們本來就有做相關懲處，已善盡管理之責。」
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